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Ferramenta genética analisa linhagens de camarão cinza

VannaPlus, ferramenta genômica desenvolvida por pesquisadores da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (DF) e da Embrapa Informática Agropecuária (SP), irá auxiliar a cadeia produtiva do camarão cinza (Litopenaeus vannamei) em programas de melhoramento genético e, principalmente, na identificação do pedigree de camarões de múltiplas famílias criados em tanques de engorda. Trata-se de um grande desafio, já que não é possível marcar individualmente cada animal com os métodos convencionais utilizados em outros setores da produção animal.

Já disponível aos interessados em otimizar cruzamentos para manutenção de linhagens genéticas, o VannaPlus é mais um ativo tecnológico que testa a paternidade, o parentesco e faz a identificação individual para o camarão cinza. A ferramenta foi desenvolvida pelos pesquisadores Alexandre Caetano e Patrícia Ianella, com a participação do pesquisador Michel Yamagishi e da equipe do Laboratório Multiusuário de Bioinformática (LMB) da Embrapa.  O laboratório conta com uma infraestrutura computacional de alto desempenho que tem sido aplicada em análises de bioinformática para o desenvolvimento dos ativos da Plataforma AquaPlus.

Com base em painel de marcadores SNP (sigla em inglês para Single Nucleotide Polymorphisms) de baixa densidade, o VannaPlus permite a produtores de larvas fazerem o manejo de plantel de reprodutores, reduzindo os riscos de cruzamentos indesejáveis para o criatório produzir mais e melhor. “Além de proporcionar soluções para o manejo genético de reprodutores e reduzir os cruzamentos endogâmicos, a ferramenta pode auxiliar os programas de melhoramento nos processos de avaliação, seleção e cruzamento e, dessa forma, racionalizar a aquisição e venda de germoplasma entre produtores”, comenta Ianella. Os cruzamentos entre animais aparentados, chamados endogâmicos, resultam em proles mais sujeitas a problemas genéticos como má-formação e mesmo baixo desempenho zootécnico. O  uso do VannaPlus permitirá ao produtor identificar animais geneticamente distantes e recomendar cruzamentos com maior probabilidade de sucesso. A tecnologia também promoverá a agregação de informação e valor ao mercado de matrizes da carcinicultura (a criação de camarões em cativeiro).

Alexandre Caetano conta que, a exemplo das demais espécies de interesse aquícola, a marcação e a identificação individual do camarão apresentam enormes desafios para o manejo genético dos reprodutores porque as formas jovens desses animais são milimétricas e não podem ser marcadas com métodos convencionais. Além disso, o camarão passa por um processo de troca do exoesqueleto (da carapaça) durante o crescimento. O VannaPlus resolve essa dificuldade com baixo custo e rapidez. O cientista informa que atualmente a Embrapa tem capacidade de processar e analisar duas mil amostras por semana e em breve deverá dobrar esse volume.

Plataforma AquaPlus

É um conjunto de soluções simples, práticas e inovadoras, já desenvolvidas ou em desenvolvimento pela Embrapa, para qualificação, manejo e melhoramento genético de espécies aquícolas. Além de painéis de marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) desenvolvidos e validados para a realização de cada análise, cada ferramenta genômica tem seu próprio conjunto de análises in silico (no computador) que são realizadas pela equipe envolvida a partir dos dados gerados pelas amostras testadas. Atualmente quatro ativos (ferramentas) estão disponíveis na plataforma (TambaPlus Pureza, TambaPlus Parentesco, VannaPlus e TrutraPlus); três estão em fase final de testes para a tilápia (TilaPlus), o pirarucu (ArapaimaPlus) e a pirapitinga (PirapitingaPlus); e outros em desenvolvimento.

“Além disso, estamos preparando ferramentas genômicas mais avançadas, para quando o setor produtivo estiver pronto para usá-las nos programas de melhoramento genético que devem emergir no futuro próximo. Por exemplo, quando programas de melhoramento de tambaqui forem implementados pela Embrapa e por grandes grupos da iniciativa privada, nosso grupo já estará preparado para genotipar reprodutores com chips de alta densidade, que poderão ser utilizados para seleção genômica, como já fazemos em outras espécies há mais de uma década. O mesmo trabalho também foi feito para o camarão”, afirma Ianella.

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